אמי"ת בר אילן פ"ת הוקם בשנה"ל תשפ"א כתיכון תורני למצוינות רב תחומית. מיום הקמתו הצליח בית הספר לבסס עצמו כבית חינוך תורני ערכי ואיכותי השם דגש על מצוינות מדעית טכנולוגית, עם צוות מחויב ותלמידים האוהבים לבוא בשעריו.
בשנת הלימודים תשפ"ב זכה בית הספר להיכנס למבנה הקבע שלו בשכונת הדר גנים, בקמפוס חדש ורחב ידיים. באותה שנה נוסד גם מסלול כיתות המחוננים והמצטיינים בבית הספר, היחיד מסוגו בחינוך הממלכתי דתי באיזור המרכז. כיתות המחוננים מהוות ברכה גדולה בראש ובראשונה לתלמידיהן, ובאותה נשימה מהוות קטר צמיחה ויזמות לבית הספר כולו באופן המשפיע ומותיר חותם על כלל תלמידי בית הספר.
נגן וידאו